以高中生偵探馳名全國的我，卻無故變回小孩子模樣．．．而在和一群小鬼玩遊戲時，竟有一位小女生下落不明！？想要悠哉悠哉地泡個溫泉，誰知又發生了殺人事件！我好想休息一下啊～畢竟我現在只是個小學生呀
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在小蘭面前差點暴露身份的我，急中生智逃過一劫！不過我還是希望能早點變回原來的工藤新一，好讓小蘭安心．．．但接二連三發生的事件，害我無暇追查黑衣男子的下落！這次爸爸的著作「黑夜的怪男爵」竟然現身，從天而降了！
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身體變小後，許多危險就不斷跟著我，令人心驚膽跳的離奇案件也一一發生在我身邊！連親愛的小蘭也遭襲擊！不過．．．憑我機智的頭腦和身上的七大法寶，兇手可是無所遁形哦！我的名字就是名偵探．江戶川柯南！
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身體雖然變小，但還是不輸給那些魁梧的大傢伙哦！這次我被一個囂張且戴面具的男子追得走投無路，但我一定會用過人的智慧逃脫，並拆穿那傢伙的真面目！我－就是小小名偵探．江戶川柯南！
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接到謎樣的邀請函，我們一行人前往孤島解謎，卻捲入多起離奇的奏鳴曲殺人案．．．終於案情明朗了，但我卻莫名其妙地多出個女朋友！？想我柯南破解疑案無數，啥也難不倒，但女人心、海底針．．．我真是迷糊了！請各位告訴我怎麼讓小蘭消氣吧！
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棘手案件一樁接著一樁，我的身體已經快不聽使喚了！天啊！怎麼回事！？為什麼我渾身發熱，好像快熔化．．．．大家期待已久的壓軸好戲正式開鑼囉！！
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新一暫時寄住小蘭家，一面也積極想找出神祕組織的下落。為了隱藏身分，他化名〝柯南〞，並且還降級唸小學。跟在小五郎身邊辦案的柯南，以他冷靜的頭腦及清晰的推理，即使案子再棘手，也能一一破案！
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以福爾摩斯式的推理能力而聲名大噪的高中生名偵探．工藤新一，在一次追線索時，被歹徒強行灌下不知名的藥，一夜之間變成了一個小孩，化名為〝江戶川柯南〞。
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我叫工藤新一，是個頗負盛名的高中生偵探．．．本來是的！可是後來竟然變成小學生！不過我個頭雖小，頭腦卻很聰明！因此就以小朋友的身分解決各種棘手案件！無論如何，真相永遠只有一個而已！
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高中生的新一變成小學生柯南之後，還是不改偵探本性，屢次挑戰更棘手的案件！不過．．．如果不小心點。露出馬腳，那可就慘囉！
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身體矮小，頭腦卻聰明絕頂；憑著超人的推理能力，使一樁樁懸疑案件得以水落石出！希望能早日揭開神祕黑衣男子的陰謀，還我本來面貌！這也是為了我最親愛的小蘭。我，正是足智多謀的名偵探－江戶川柯南！
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這次的事件真的很令人傷腦筋！大家也許很期待這一次的故事，可是對我而言，這次的對手真的很難纏．．．總而言之，請各位慢慢觀賞怪盜ＶＳ名偵探的大決戰！
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柯南跟一票小孩子剛好在演唱會會場附近玩耍。他們無意間碰到ＴＷＯ－ＭＩＸ的高山南！不過好戲才要上場而已呢！因為高山南竟然被人綁架了！少年偵探團又要出動了！可是，她的聲音怎麼跟某人的聲音好像．．．．！？
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原本應該是無比快樂的高中生活在等待著我去享受的，可是實際生活中卻是一個接一個的血腥事件困擾著我！當然我也有甜蜜愛情的煩惱．．．咦？小蘭要上哪兒去？
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我叫作江戶川柯南。其實我真實的身份是高中生偵探工藤新一。好不容易才找到那些把我變成小孩的黑衣男子，卻沒想到．．．．接下來又碰到服部那小子！我覺得有很不好的預感耶．．．
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一年前發生在旅途中的事情．．．．發生在飛翔於高空中的巨無霸客機上的謀殺案。在如此狹小的空間裡，兇手是如何下手的？探究兇手心中的祕密．．．．．這就是工藤新一第一次偵辦的案件！
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警察也是平凡人，也會喜歡上別人！而且喜歡的人，喜歡的可能是另有其人！這種情形是經常發生的．．．高木刑警喜歡上了搜查一課的美女刑警喔！
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開往北海道的臥鋪快車「北斗星」，車內竟然發生了命案．．．．兇手是從疾駛於隧道中的列車上破窗而逃的嗎？奇怪的是，這件案子竟然和我老爸所寫的小說情節一模一樣！
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我隱藏身分搞偵探這一行，雖然是解決了不少事件，但也造成小蘭逐漸開始懷疑我的身份了！可是、可是．．柯南就是工藤新一的事，就是不能告訴任何人嘛！
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我們走進一幢令人害怕的洋房，而且一不小心，後面就有．．．．這樣下去別說是解決案件了，連我們自己都命在旦夕了！可是，這時候能倚靠的－還是我們往常的夥伴！
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來了一位奇怪的轉學生．．．．竟然知道我的真實身分是新一！同時也發生了偽鈔事件！她究竟是誰？捉摸不透的謎樣少女，是敵是友？她的本名究竟是什麼呢？
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柯南一行人進入鐘乳洞裡探險，沒想到卻在裡面遇到銀行搶匪！而且最糟糕的是他還腹部中彈，動彈不得！唯一能仰賴的，只剩下少年偵探團的其他成員了．．．他們到底能不能順利度過這個危機呢？
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柯南一行人因為一封寄給平次的信，而踏上人魚居住的島嶼．．．那座島上住著一位據說曾經吃過人魚肉，因而得以長生不死，人稱命樣的一百三十歲老婆婆！從這一夜開始，連續殺人案正式揭開序幕！？
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帝丹高中來了一位外國老師！她的名字叫做茱蒂．聖提米利翁．．．乍看之下是位活潑又溫柔的老師，不過她私底下是不是還有另外一個身分呢！？伴隨著底細不明的茱蒂老師而來的．．．竟又是一樁命案．．．！？
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黑衣男子現身了！？追蹤他們來到飯店時，竟然碰到了謀殺案！在命案現場裡，灰原被他們帶走，面臨到莫大的危機！好不容易快逃了出去的灰原，卻被無情的子彈給擊中．．
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柯南一行人接受服部的邀請，來到了大阪．．．因為聽說柯南最崇拜的足球選手－雷．卡提斯要來大阪！但是，卡提斯他們下榻的飯店卻發生了謀殺案！而且這個案件的結果非常悲哀．．．
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六位名偵探應那位身穿白衣的怪盜之邀前來「黃昏之館」，並被迫參加一場尋寶遊戲。這是一場很莫名其妙的遊戲，因為只有最先找到寶藏的人才能獲救。但是，遊戲進行到一半的時候，竟然發生了一起命案！連小五郎也慘遭毒手，這到底是怎麼一回事！？
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柯南等人受邀前往傳奇魔術師Mr正影的家，而那一天也正是距Mr正影突然失蹤恰滿整整十年之日。接著……他的其中一名弟子離奇死亡……西方高中生偵探──服部平次也登場活躍的新案件!!
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苦艾酒所留下的謎已經真相大白!?雖然得到追蹤黑色組織老大的線索……可是其中卻有股異樣的感覺……即使如此，柯南仍漂亮解開了圍繞著傳奇樂器所發生的連續殺人案，更與怪盜小子展開尋寶大對決！
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10年前，當新一與小蘭還是小學一年級時……一名自稱「新一之弟」的神秘男子，在圖書室內交給了他們一張寫著「平息杯戶的憤怒」的暗號，兩人於是開始挑戰尋寶之謎……此外，本集還收錄了妃英理的愛貓GORO篇以及偵探甲子園的解決篇喔!!
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園子的親戚、鈴木財團的顧問次郎吉，在報紙上向怪盜小子發出挑戰書，想試探他有沒有辦法偷走大寶石「海洋奇蹟」。而接下他挑戰的怪盜小子，在嚴密的警備中以驚人的方式登場！究竟，柯南ＶＳ怪盜小子的智慧對決贏的會是誰！？
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電視台舉辦了「東方的毛利小五郎ＶＳ西方的服部平次」的推理對決企劃，柯南與小蘭一行人也跟著來到了這個南方小島。在那裡所發生的殺人事件與奇妙文字究竟隱藏著什麼祕密！？接著，捲入連續炸彈事件的柯南，他的性命也遭受到前所未有的威脅！挑戰充滿緊張與動作的推理事件！
